接續寶可夢-旅途的劇情，小智已經成為了真正的寶可夢大師，與此同時，動畫製作組投下了一枚震撼彈，宣佈了下個世代的主角將不會是小智。為此，官方也推出一系列命名為「目標是寶可夢大師」小智最後的冒險故事。一方面回顧了小智所收服的寶可夢們，一方面讓小智過去的夥伴再次登場，算是一個懷舊並且作最後系列收尾的最終作。說來挺感傷的，但我還是抱著童心未泯的心態，看這位小時候陪伴我們長大的角色走完最後一哩路。不過，即便不再是主角，小智還是有機會出現在未來的作品裡吧。
第一集：起始之風！無限之風！
隨興決定往哪裡冒險的小智與皮卡丘，依舊精神飽滿的持續著無目標的旅程。不小心一手抓到鐵殼昆的小智，看著牠在手中進化。小智成為冠軍後，一派輕鬆的到處旅行，一邊邂逅不同的寶可夢。此時，火箭隊再次出現攪局，抓走皮卡丘。小智先後派出音波龍、頓甲、蜥蜴王對抗，救出皮卡丘。突然一陣聲響，小智發現了受傷的拉帝亞斯，幫助牠治療傷勢，終於讓不相信人類的拉帝亞斯，願意相信小智。
●音波龍 頓甲 蜥蜴王 勇氣鼬
●與拉帝亞斯結緣
第二集：小智VS小霞！海邊的對決！
來到大海的小智，派出龍蝦小兵、小踞鱷、木木梟、保姆蟲等寶可夢體會熱情的大海。但皮卡丘的尾巴，似乎被鐵臂龍蝦給夾住了。看到會使用強大水砲攻擊的鐵臂龍蝦，讓小智想要收服牠了。此時，好久不見的小霞出現，表示自己也想收服鐵臂龍蝦。於是，兩人進行垂釣比賽，掀釣到鐵臂龍蝦的一方，可以擁有優先收服權。最終，小智與小霞進行一場炙熱的對戰，由勝者收服鐵臂龍蝦。結束對戰後，小霞希望能再次與小智一起旅遊。
●與小霞重逢
●龍蝦小兵 小踞鱷 木木梟 保姆蟲
第三集：小剛與天桐與森林的魔女！
來到新的小鎮，小智與小霞吃到一間餐館的食物時，感到一股熟悉感。原來，小剛正在餐館當廚師。本來以為找到幸福的小剛，為了美女店長，打算一直待在店裡。沒想到，美女店長不僅已經有個帥氣的丈夫，對方還是廚師。一瞬間失戀的小剛，陷入失落的情緒中。這時小智巧遇天桐，並且提議帶小剛到附近的花田轉換心情。此時沒想到，森林中的寶可夢-布利姆溫突然讓小剛看到幻覺，藉此將他吸引到森林中，目的是為了吸取小剛的負能量。事件平安落幕後，小剛加入與小智一起冒險的行列
●與小剛、天桐重逢
第四集：凍原熊的嘆息
來到一處冰凍的森林，小智等人預見一隻冰凍能力強大的凍原熊。但凍原熊因為還無法控制自己強大的力量，導致森林中的其他寶可夢對牠避而遠之。為了幫助凍原熊學會使用力量，小智派出水水獺、火屬性的烈箭鷹、炙熱咆嘯虎幫忙，打算幫凍原熊特訓。一開始訓練過程並不順利，導致凍原熊失控放出大量冰氣，將地面完全凍結。最終結冰的地面龜裂，小智、皮卡丘，水水獺跟著凍原熊跌落裂縫中。在危機時刻，凍原熊學會控制力量，作出冰凍階梯，將小智救回地面。凍原熊也終於學會控制力量，不再成為森林中寶可夢們畏懼的對象。
●水水獺 烈箭鷹 卡比獸 炙熱咆嘯虎
第五集：燃燒吧！傑尼龜消防隊！
來到某個城鎮的小智一行人，意外看見了傑尼龜消防隊的表演活動。久違能再次見到好久不見的傑尼龜，讓小智與夥伴們相當期待。放出噴火龍、妙蛙種子後，一行人到場捧場傑尼龜的表演。然而，表演結束後，小智等人卻被扮成傑尼龜消防隊經紀人的火箭隊阻饒，無法與傑尼龜敘舊。看著只能默默離開的小智等人，讓傑尼龜心中產生憤怒，覺得自己已經不再被當成同伴的沒落。不久，小智等人終於再次見到傑尼龜，但牠卻與噴火龍、妙蛙種子吵架。直到接到發生火災，在眾人以及小智等人的活躍下，解除了這次危機，也讓傑尼龜終於開心與夥伴們和好。
●無印時期御三家
第六集：然後、看到一樣的月亮
在草原上休息的小智與皮卡丘，突然遭到火箭隊襲擊。雖然小智及時派出藤藤蛇作戰，卻仍讓皮卡丘跟著火箭隊一起意外炸飛。中途喵喵與皮卡丘同行，經歷烈雀群的攻擊，並且在綠毛蟲的協助下，讓皮卡丘順利拿回小智的帽子。另一方，小智與小霞、小剛沿途尋找皮卡丘的蹤跡，一路找到了傍晚，仍然沒有找到。有些失落的小智晚上無法順利入睡，另一邊的皮卡丘，也同樣想著一直在一起小智。隔天，兩人心有靈犀的衝向對方，終於在最終順利會合。
●小智與皮卡丘的回憶殺
●致敬烈雀襲擊
第七集：乘上拉普拉斯吧
海邊看到吼吼鯨的小智三人，意外與橘子群島時的夥伴拉普拉斯重逢。但拉普拉斯似乎有事情想要拜託小智幫忙。一行人乘坐拉普拉斯，來到一座奇特洞窟的小島。原來，一隻吼吼鯨竟然卡住動彈不得。於是，小智派出巨鉗蟹、蔥遊兵，與小霞合力將吼吼鯨成功拉出來。沒想到，太過興奮的吼吼鯨，竟然突然進化成吼鯨王，再次卡進洞中。這次需要更多人力才能把噸位更重的吼鯨王救出。靈機一動的皮卡丘，直接威脅潛伏在附近的火箭隊幫忙。眾人終於成功救援吼鯨王。小智與拉普拉斯再次道別，期待下次的見面。
●巨鉗蟹 蔥遊兵 赫拉克羅斯 月桂葉 土台龜
●重逢拉普拉斯
第八集：詛咒娃娃尋找的東西！
鎮上有奇怪的寶可夢作亂，讓君莎小姐頭痛不已，小智等人決定幫忙調查。小智發現作亂的寶可夢是詛咒娃娃，牠到處搜刮愛心形狀的物品。想要理解詛咒娃娃的小智，派出耿鬼幫忙，希望可以找到詛咒娃娃。經過三人的努力，才知道原來詛咒娃娃前身是個被受小女孩主人寵愛的娃娃，卻在小女孩搬家時遺失，經過好幾年變成了寶可夢-詛咒娃娃。但詛咒娃娃仍然記得娃娃時期的事，便到處找愛心髮飾，希望找回自己的主人。最終，在小剛強大的雷達下，發現老舊照片裡的小女孩就是喬伊小姐，終於讓這對主僕團圓。
●耿鬼 快龍
第九集：逆襲的火箭隊
板木老大將火箭隊的寶可夢歸還，讓火箭隊重拾戰力，計畫這次一定要成功捕捉宿敵皮卡丘。這次火箭隊有備而來，利用可愛的魔尼尼演出一場退團的戲碼，博取小智的信任，再趁機讓皮卡丘與同伴們分散。最終，拉帝亞斯刻意將皮卡丘被火箭隊包圍的訊息，傳達給小智。與烈焰猴、摔角鷹及時趕到，避免皮卡丘差點被火箭對抓走。然而，拉帝亞斯最後讓小智等人看到拉帝歐斯的影像，似乎代表著什麼?
●烈焰猴 摔角鷹
第十集：小智與拉帝歐斯
透過拉帝亞斯的影像，看到寶可夢獵人似乎正在追捕拉帝歐斯。小智與小霞、小剛立刻乘上大鋼蛇，前往營救拉帝歐斯。另一方面，看見拉帝亞斯的寶可夢獵人，刻意跟隨在其後方，準備對兩隻寶可夢一網打盡。在拉帝亞斯的帶領下，小智等人在洞窟中發現負傷的拉帝歐斯，但對方對人類有著高度警戒，不願讓小智靠近。此時，寶可夢獵人發動攻勢，將拉帝亞斯帶走，小智坐上拉帝歐斯追趕獵人，終於成功與拉帝歐斯合力打敗獵人。
●大王燕
第11集：彩虹與寶可夢大師
很快的與小霞、小剛再次分別，小智與皮卡丘，久違的回到真新鎮。短暫休息過後，小智前往大木博士的研究所，幫忙找出消失不見的小火龍。此時，小智與小茂再次碰面，先是恭喜小智獲得冠軍的小茂，對小智發出疑問「已經成為冠軍後，離寶可夢大師還有多遠呢?」。還在思考小茂提出的問題之時，來到常盤森林的小智，又遭到火箭隊攻擊。這時出現的大比鳥解圍，並且表示希望能再次與小智一起旅行。不久，天色漸暗，突然下起雨，小智與皮卡丘在大樹下避雨時，小智對這幾天充實又休閒的生活，得到結論，認為自己成為冠軍並不是終點，隨時都能成為挑戰者，並且與全世界的寶可夢成為朋友。心中再次出現夢想，小智穿上新鞋，再次踏上了旅程。
●因為回到真新鎮，有不少寶可夢鏡頭，但都不算小智帶出
●大比鳥重逢
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